Ассоциировать какой-либо тип файлов с определенной программой можно при помощи GUI или терминала.

Терминал

Открываем файл с глобальными настройками ассоциации типов файлов с приложениями (нужно использовать sudo, так как, владелец этой директории root).

/etc/gnome/defaults.list

И меняем дефолтное приложение для запуска определенных типов файлов, например XML:

text/xml=firefox.desktop

Допустим, если мы хотим поменять "firefox" на "google chrome", то удаляем "firefox.desktop" и вписываем "google-chrome.desktop". Далее, необходимо создать файл "google-chrome.desktop" (если его нет) в директории /usr/share/applications по образцу существующих .desktop файлов.

Теперь все XML файлы будут открываться при помощи Google chrome.

Важно.

Когда вы заменяете один .desktop файл на другой, то не забудьте в новом .desktop файле прописать директиву:

MimeType=text/xml;

Естественно, форматы использовать необходимо только нужные. Для того, чтобы точно узнать MIMETYPE, нужно использовать команду:

mimetype filename.xml

Выведет:

filename.xml: application/xml

Графический интерфейс (GUI)

Кликаем правой кнопкой по файлу и выбираем "Open with", а затем назначаем приложение по умолчанию.

Таким образом, вы сохраните ассоциацию файла с определенным приложением для текущего юзера, для других юзеров эта настройка не будет применена.

Если вы назначили дефолтное приложение для определенного типа файла через графический интерфейс (GUI), то все эти изменения вы сможете найти в локальном файле с вашими ассоциациями файлов, который находится в ~/.local/share/applications/mimeapps.list

Некоторые программы создают .desktop файлы только в директории ~/.local/share/applications

Резюме

Желательно все ассоциации добавлять в файл ~/.local/share/applications/mimeapps.list, а ярлыки (.desktop) в ~/.local/share/applications, потому-что система смотрит сперва на локальный файл mimeapps.list, а потом на /etc/gnome/defaults.list, таким образом, mimeapps.list невозможно перезаписать через defaults.list