Если вы желаете переместить папку или файл с одного место в другое при помощи SSH, то вам пригодятся команды описанные ниже:

mv ~/domains/site.com/temp/* ~/domains/site.kz/
mv ~/domains/site.com/temp/.htaccess ~/domains/site.kz/

В первом примере мы переносим все файлы из папки temp/ в корень сайта.
Во втором примере мы переносим только 1 файл .htaccess в корень сайта.
Ниже вы увидите как делается перенос всех скрытых файлов (важно указывать абсолютный путь до скрытых файлов, а в директорию куда переносим - необязательно).

mv /home/user/path/.[!.]* ~/path/folder

Также можно копировать файлы используя команду cp:

cp -R ~/domains/sites.com/temp/* ~/domains/site.kz/

Код выше скопирует все файлы из папки temp в корневую директорию сайта.
Также при помощи cp можно копировать все скрытые файлы

cp -p /home/user/path/.[!.]* ~/path/folder

Обозначения аргументов

-R - рекурсивно, т.е. скопировать все содержимое.
-p - preserve, сохраняет время изменения, т.е. копирует файл полностью в оригинальном виде.