Для удаления файлов или папок в SSH используется команда rm.
Ниже я продемонстрирую ее:

Удалить один или несколько файлов
rm filename.php filename.txt

Удалить все файлы котоыре начинаются с myfile и заканчиваются на txt
rm myfile*.txt

Удалить папку и все ее содержимое рекурсивно
rm -rf foldername/

Удалить все папки и файлы директории в которой мы находися
rm -rf *

Живые примеры на хостинге

Допустим нам необходимо удалить весь сайт, т.е. почистить все файлы из папки sitename.com:

rm -rf ~/domains/sitename.com/*

Код выше удалит все содержимое папки sitename.com, но не стоит забывать, что есть еще скрытые файлы как .htaccess, .gitignore - они требуют индивидуального удаления:

rm -rf ~/domains/sitename.com/.htaccess

Будьте осторожны с этой командой, т.к. вы можете поудалять системные файлы :)